纳豆菌是一种细菌，即使在低温或者菌粉状态也会有微弱的生命活动，也会按照生长曲线的趋势进行，所以是有一定的期限的。

纳豆菌菌种因处于孢子状态特别稳定，只要放在阴凉干燥处就能长期保存。但开封后一定要放在冰箱内低温保存。天然的纳豆菌种从纳豆制品或从稻、谷中分离得到，这种方法得到的纳豆菌种中含有其他杂菌。

1921年，半泽博士培养分离出纯纳豆菌种，使纳豆菌种商品化。