要解决VPS网站目录灰色的问题，可以尝试以下几个步骤：
1. 检查文件和文件夹权限：确保您的网站目录及其内容具有正确的权限。通常，网站目录的权限应设置为755，文件的权限应设置为644。您可以使用命令`chmod`来更改文件和文件夹的权限。
2. 检查用户和用户组：确保网站目录的所有者和所属用户组与您的Web服务器进程匹配。您可以使用命令`chown`来更改文件和文件夹的所有者，使用命令`chgrp`来更改文件和文件夹的所属用户组。
3. 检查SELinux设置：如果您的VPS上启用了SELinux安全机制，它可能会限制对网站目录的访问。您可以使用命令`ls -Z`来检查文件和文件夹的SELinux上下文，使用命令`chcon`来更改文件和文件夹的SELinux上下文。
4. 检查Web服务器配置：确保Web服务器的配置文件正确指向您的网站目录。您可以查看Web服务器的配置文件（如Apache的httpd.conf或Nginx的nginx.conf）来确认目录设置是否正确。
5. 重新启动Web服务器：在完成上述步骤后，重新启动Web服务器以使更改生效。
如果以上步骤没有解决问题，可能还需要查看错误日志以获取更多信息，并考虑咨询VPS提供商或系统管理员以获取进一步的帮助。