在Nginx中，可以使用以下方法来设置虚拟主机的存放目录：
1. 在Nginx的配置文件中设置root指令。例如，假设你有一个名为example的虚拟主机，你可以在Nginx的配置文件中为其设置root指令，如下所示：
```
server {
listen 80;
server_name example;
root /path/to/your/directory;
...
}
```
在这个例子中，虚拟主机example的文件将存放在`/path/to/your/directory`目录中。
2. 使用变量来设置存放目录。Nginx支持使用变量来设置存放目录，这使得你可以根据需要动态地设置存放目录。例如，你可以使用`$host`变量来设置存放目录，如下所示：
```
server {
listen 80;
server_name example;
root /path/to/your/directory/$host;
...
}
```
在这个例子中，对于不同的虚拟主机，文件将根据主机名存放在不同的子目录中。
无论使用哪种方法，都需要确保Nginx有访问该目录的权限，并且目录中包含了虚拟主机的相关文件。
