1.北京大学
北京大学基础医学院的前身是1954年9月14日成立的北京医学院基础医学部。学院设有12个系、1个教研室、2个研究所及1个医学实验教学中心。拥有“基础医学”、“生物学”和“中西医结合”3个博士学位授权的一级学科（涵盖15个二级学科）、拥有“药理学”二级学科、7个国家重点二级学科、1个北京市重点一级学科、2个博士后流动站、6个省（部）级重点实验室，以及一批具备国际先进水平的科研基地和实验技术平台。学院基础医学在第4轮全国学科评估中位列A+档次。
2.北京协和医学院
中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院成立于1978年，其前身为1958年成立的中国医学科学院实验医学研究所和1921年建立的北京协和医学院基础医学系。所院以学科建设为基础，重视科研发展与人才培养，拥有15个学系和一个对国内外开放的医学分子生物学国家重点实验室，一个国家级基础医学实验教学示范中心。承担着科研和教学两大任务。由教育部学位与研究生教育发展中心组织的第四轮学科评估结果，北京协和医学院基础医学学科获评A+。
3.复旦大学
复旦大学基础医学院前身为上海第一医学院基础医学部，建于1955年4月。学院拥有基础医学、中西医结合学、生物学3门国家一级重点学科，人体解剖与组织胚胎学、病原生物学、病理学、中西医结合学、神经生物学、生理与病理生理学、生物化学与分子生物学7门国家二级重点学科。2000年学院荣获优秀“国家理科基础教育和教学人才培养基地”称号，2007年基础医学学科成为首批国家一级学科重点学科，并在2017年教育部一级学科评估中获评A，位列全国第三，2012年入选上海高校一流学科（A类）建设计划。
4.上海交通大学
上海交通大学基础医学院成立于1989年5月。学院有基础医学、药学2个国家“双一流”建设学科，病理学与病理生理学1个国家重点学科，4个教育部“211工程”重点建设学科，基础医学、药学2个上海市高水平地方性大学建设学科。自1984年以来，经国务院学位委员会批准先后建立了5个一级学科博士学位授权点，基础医学、生物学2个博士后流动站，15个二级学科博士学位授权点，15个二级学科硕士学位授权点。据小编了解，在2017年全国第四轮学科评估中，学院基础医学被评为A-级。
5.中山大学
中山大学中山医学院历史悠久，其源头可追溯至1835年美国传教士伯驾医师在广州建立的博济医院。学院基础医学是国家“双一流”建设学科，具有较好的学科地位与影响力，学科水平处于国内“第一方阵”。在第四轮教育部学科水平评估中，学院基础医学学科获评A-，位居国内高等院校并列第4。据上海软科发布的“2019软科中国最好学科排名”数据显示，学院基础医学学科位居国内高等院校第3名。2017年学校基础医学入选国家“双一流”建设学科，基础医学学科建设迎来新的历史发展机遇。
6.浙江大学
浙江大学基础医学院坐落于优美的浙江大学紫金港校区，是浙江大学37所学院（系）之一。学院有12个学科系、1个基础医学实验教学中心、5个前沿交叉研究中心，拥有基础医学、药学及生物学3个一级学科博士点以及1个基础医学博士后流动站。博士点涵盖12个二级学科，其中包括国家重点培育学科和省级重点学科。2017年基础医学学科列入教育部“一流学科”建设名单，在教育部第四轮学科评估中获评A-类学科。
7.华中科技大学
华中科技大学同济医学院基础医学院始于1907年。学院设有11个学系，博士后流动站4个，一级学科博士学位授予点4个，二级学科博士学位授予点12个，国家重点学科1个，国家重点培育学科2个，省一级重点学科2个。2017年“基础医学”入选国家“双一流”建设学科，且在教育部第四轮学科评估中获评B+级学科。学院基础医学在2019年软科世界一流学科排行榜位列国内第3位，为19个ESI学科做出贡献，篇均被引频次全校第三，在6个进入前1%的ESI学科贡献度校内排名前3位。
8.中南大学
中南大学基础医学院前身为湖南医科大学基础课部，始建于1956年。学院涵盖基础医学、生物学和特种医学3个一级学科，均为一级学科博士点和博士后流动站，1个国家重点二级学科，基础医学、生物学2个湖南省重点一级学科，4个湖南省重点二级学科，拥有1个人类干细胞国家级工程中心，7个省部级重点实验室。2014年国家人社部开展的第二轮博士后流动站综合评估中基础医学博士后流动站获得“全国优秀博士后科研流动站称号”。学院基础医学在2017年教育部组织的全国一级学科评估中获得B+，排名并列全国第八。
9.南京医科大学
南京医科大学基础医学院的办学历史可以追溯到1934年建校初期。学院拥有基础医学、生物学2个一级学科博士点、2个博士后流动站、13个二级学科博士点、2个一级学科硕士点、13个二级学科硕士点；1个国家重点学科、1个国家重点（培育）学科、1个省一级学科国家重点学科培育建设点、1个省一级学科重点学科、1个省一级学科重点学科培育建设点。在教育部全国第四轮学科评估中，基础医学一级学科获B+等级，排名并列全国第八。学院基础医学一级学科同时为江苏高校优势学科建设工程一期、二期和三期项目立项学科。
10.四川大学
四川大学华西基础医学与法医学院是四川大学重要的教学、科研基地，建院于2001年，其前身是原华西医科大学建院于1987年的基础医学院和建院于1999年的法医学院。华西基础医学与法医学院国家首批理科科学研究与人才培养基地，基础医学与法医学是教育部的特色专业，其中基础医学在教育部第四轮学科评估中获评B+级学科。学校拥有一批国家级实验教学示范中心、国家级教学团队和国家级精品课程。
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