1966年5月，长达10年的"文化大革命"正式爆发。在"文化大革命"发动时，各地正按既定计划开展四清运动。为了能使"文化大革命"顺利进行，各地都对四清运动进行重新部署，并把"文化大革命"纳入四清计划之内。

1966年8月，中共八届十一中全会在北京举行，会议通过了《中国共产党中央委员会关于无产阶级文化大革命的决定》(简称《十六条》)，文件指出，"文化大革命"使城乡社会主义教育运动更加丰富、更加提高了，必须把两者结合起来进行。各地区、各部门可以根据具体情况进行部署。

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在农村和城市企业进行社会主义教育运动的地方，如果原来的部署是合适的，又做得好，就不要打乱他，继续按照原来的部署进行。但是当前的"文化大革命"运动提出的问题，应当在适当的时机，交群众讨论，以便进一步大兴无产阶级思想，大灭资产阶级思想。有的地方以"无产阶级文化大革命"为中心，带动社会主义教育运动，清政治、清思想、清组织、清经济。这样做，如果那里党委认为合适，也是可以的。

但随着"文化大革命"的不断深入，四清运动中的许多做法和部署已不适应"文化大革命"的需要了。1966年11月27日，谭震林就今冬明春开展农村"文化大革命"和四清运动的几个原则性问题向周恩来、陶铸、陈伯达、康生、李富春以及中央文革小组写出请示报告。报告指出，"文化大革命"与四清的结合，《十六条》上是两种提法。现在看来，四清运动中下台的干部，只要贫下中农大多数没有意见，也不准翻案，四清工作队也应肯定。

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但是，各地原来的四清部署和做法，还有不少框框，繁琐哲学，人海战术，包办代替等等，有了"文化大革命"的形势和大民主的经验，就不能再按原来的一套部署去做了。应该加以改变，不改变也行不通。因之，似以明确肯定以"文化大革命"为中心带动四清的提法为好。12月15日，中共中央发出《关于农村无产阶级文化大革命的指示(草案)》，规定把四清运动纳入"文化大革命"中去。在"文化大革命"中，解决四清问题和四清复查问题。

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此时，毛泽东对四清运动已不感兴趣了。在1965年1月的中央工作会议上，毛泽东已透露出这种想法:你只要不触及全面问题，枝枝节节、修修补补不行。这年5月，陪同毛泽东上井冈山的湖南省委第一书记张平化要向他汇报一下湖南社教的情况，毛泽东说:"不用汇报了，情况我都知道。

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现在看来光搞社教运动不能完全解决问题。"1967年2月8日，毛泽东会见阿尔巴尼亚劳动党中央书记处书记卡博以及国防部长巴卢库谈话时又指出:"过去我们搞了农村的斗争，工厂的斗争，文化界的斗争，进行了社会主义教育运动，但不能解决问题，因为没有找到一种形式，一种方式，公开地、全面地、由上而下地发动广大群众来揭发我们的黑暗面。"这样，四清运动就无法开展下去，而让位于正在蓬勃开展的"文化大革命"。